Впервые балет Йозефа Байера «Die Puppenfee» («Кукольная фея»), получивший название «Im Puppenladen» («В магазине кукол») был показан в апреле 1888 года в Вене во дворце принца Иоганна Лихтенштейна, а вскоре — 4 октября 1888 года в Венском придворном оперном театре, хореограф Йозеф Хасрейтер. В то время Европа переживала очередную волну увлечения не только механическими игрушками, шкатулками с заводом, механическим пианино под названием «пианола», но и мюзик-холлом, цирковыми представлениями. Балет с куклами, сочиненный на легкую, танцевальную музыку Байера, под разными названиями шел на сценах многих европейских театров и был одним из самых популярных и кассовых в конце XIX века.

Впервые в России «Фею кукол» в 1897 году в Большом театре поставил хореограф Хосе Мендес, художник Карл Вальц. Премьера этого балета в Санкт-Петербурге состоялась 7 февраля 1903 года в Эрмитажном театре в присутствии императора Николая II, его семьи и высокопоставленных гостей. Оформление спектакля поручили Льву Баксту. Он изменил место действия «Феи кукол», перенеся его из Вены в Петербург 1850-х годов. В своих декорациях художник точно воссоздал интерьер кукольного магазина в Гостином дворе, через большие окна которого виден Невский проспект. Коллекция игрушек, принадлежавшая другу Бакста — художнику Александру Бенуа, вдохновила на создание костюмов к балету. Постановщиками нового оригинального спектакля стали ведущие танцовщики императорской труппы — Сергей и Николай Легаты, дебютировавшие в качестве хореографов. Спустя девять дней — 16 февраля 1903 года спектакль, снискавший одобрение императора, уже шел на сцене Мариинского театра. «Фея кукол» сохранялась в его репертуаре до 1925 года.

В 1989 году художественный руководитель Ленинградского академического хореографического училища имени А. Я. Вагановой — Константин Сергеев поставил собственный вариант «Феи кукол», навеянный воспоминаниями о спектакле братьев Легат, для своих воспитанников.

В 2015 году по инициативе ректора Академии Русского балета им. А. Я. Вагановой — Николая Цискаридзе «Фея кукол» обрела новую жизнь. Опираясь на исторические документы, постановку Сергеева, была создана новая версия балета. Вплоть до мельчайших деталей воспроизведены легендарные декорации и костюмы Бакста. В работе над «Феей кукол» принял участие педагогический коллектив лучшей в мире школы классического балета во главе с ее руководителем — Николаем Цискаридзе.